五年的追逐化為泡影，隨著X檔案的關(guān)閉，福克斯·穆德（大衛(wèi)·杜楚尼 David Duchovny 飾）和丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）被迫調(diào)任處理一些平常的案件。某天，美國(guó)得州達(dá)拉斯市發(fā)生一起爆炸案。雖然穆德和斯科莉極力疏散寫(xiě)字樓內(nèi)的人群，但爆炸還是奪取了4名無(wú)辜者的性命，他們也因此受到上級(jí)的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名犧牲者早在爆炸之前便已死亡，所謂爆炸案不過(guò)是某個(gè)神秘部門(mén)為了掩蓋證據(jù)而實(shí)施的騙局。該部門(mén)據(jù)說(shuō)多年來(lái)一直從事外星人的研究，并且他們的研究足以導(dǎo)致人類(lèi)的毀滅。兩名搭檔決定徹查此事，但是神秘且難以抗拒的力量無(wú)時(shí)無(wú)刻不在阻撓他們追尋真相的腳步……