《骷髏人》的故事設(shè)定在一個(gè)"架空的時(shí)代"的"架空的日本"中，故事舞臺(tái)則是一個(gè)在被稱(chēng)為"影之都"的巨大企業(yè)支配下的閉鎖都市舞臺(tái)。因遠(yuǎn)古秘寶骷髏頭盔而擁有超能力的"反英雄"未知主角在這個(gè)架空的舞臺(tái)上，在正義與邪惡、光明與黑暗、人類(lèi)與非人類(lèi)的瓜葛之間穿梭。作為黑暗英雄，一切的憐憫與同情都是多余的。骷髏人并非是善良的正義英雄，在向他露出獠牙之前請(qǐng)考慮清楚。 骷髏人到底是誰(shuí)?這是本作品的一個(gè)特色，不到最后時(shí)刻是不會(huì)揭示骷髏人的真面目的?？赡苁侵鹘?可能是貌似善良無(wú)能的神父?可能是大伴集團(tuán)的骨干分子?可能是有名無(wú)實(shí)的警方?可能是路人A或提供情報(bào)者B?現(xiàn)在唯有等待動(dòng)畫(huà)中可能提供的線索或一直看到最后……