故事講述的是一群瘋狂的科學(xué)家，為了自己的夢(mèng)想，研制出一套只需要少許基因便可復(fù)制出寶可夢(mèng)的機(jī)器，并把發(fā)掘到的世界最強(qiáng)寶可夢(mèng)復(fù)制成了擁有比夢(mèng)幻更強(qiáng)能力的超夢(mèng)。但當(dāng)超夢(mèng)醒來(lái)后，卻因無(wú)法找尋到真正的自我而暴走。火箭隊(duì)的老大出現(xiàn)在超夢(mèng)的面前，用花言巧語(yǔ)把迷失自我的超夢(mèng)拉攏過來(lái)為自己辦事，但沒過多少時(shí)間，超夢(mèng)再次對(duì)自我感到迷茫。超夢(mèng)回到那個(gè)復(fù)制它的島嶼，決定開始它的復(fù)仇之戰(zhàn)。